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基因組中通常存在一些不明原因的復(fù)雜結(jié)構(gòu)，如回文序列和發(fā)夾結(jié)構(gòu)等，這些結(jié)構(gòu)的存在會導(dǎo)致信號的突然減弱或中斷；另一種情況是DNA堿基排列并沒有異常，而是DNA整體出現(xiàn)復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，這樣將導(dǎo)致測序根本無法進(jìn)行。